МСЦ РАН создан в 1996 году. По функциональному назначению, оснащению и инфраструктуре МСЦ РАН сответствует современным вычислительным центрам мирового уровня и обеспечивает портебности отечественной науки и образования в решении фундаментальных и прикладных задач, требующих большого объема вычислений и обработки данных. МСЦ РАН развивает электронную инфраструктуру науки и образования России и обеспечивает ее взаимодействие с аналогичными европейскими структурами.
На оссень 2017 года в МСЦ работают 84 сотрудника, в том числе 2 академика, 9 докторов и 19 кандидатов наук. При МСЦ работают базовые кафедры: Московского физико-технического института (МФТИ), Национального исследовательского университета «Московский институт электронной техники» (МИЭТ), Московского технологического университета (МТУ МИРЭА), на которых обучаются более 70 студентов.
Использование суперкомпьютера
2011: Суперкомпьютер 124 Тфлопс
По состоянию на апрель 2011 г. в МСЦ РАН установлен суперкомпьютер производительностью около 124 Тфлопс, он занимает 4-е место в Топ-50.
Мощности суперкомпьютера МСЦ РАН на безвозмездной основе предоставляются различным академическим организациям в порядке общей очереди, рассказал CNews главный программист центра Олег Аладышев. По его данным, число пользователей их системы превышает 1000 человек.Как с помощью EvaProject и EvaWiki построить прозрачную бесшовную среду для успешной работы крупного холдинга 
В 2010 году, говорит Аладышев, основные направления исследований, для которых использовалась вычислительная система МСЦ РАН, велись в области математики, механики, физики, информатики и вычислительной техники, астрономии, химии, науки о Земле, биологии, биофизики и информатики, затрагивались все приоритетные направления модернизации России.
Как следует из отчетов пользователей суперкомпьютера, в области медицины, к примеру, с его помощью проводилось моделирование микроэволюции вирусов иммунодифицита человека. Была создана технологическая платформа для исследования вопроса о резистентности ВИЧ к противовирусным препаратам. Также проводилось моделирование биологических мембран, содержащих холестерин и другие включения.
В области физики, например, суперкомпьютер МСЦ РАН использовался для исследования механизмов перехода медленного горения в детонацию при горении предварительно перемешанных газовых смесей в трубах, исследования процессов возникновения и подавления эффекта стука в двигателях внутреннего сгорания. Полученные результаты, говорится в отчете, дали новый материал для исследования нелинейных процессов горения и разработки новых подходов к повышению эффективности двигателей, а также для разработки современных детонационных двигателей.
По направлению экологии и рационального природопользования на суперкомпьютере выполнялся расчёт распространения крупномасштабных поверхностных волн в морях и океанах, проводилось моделирование климата и его изменений. Система также использовалась для моделирования глобальной сейсмичности, разработки методов интерпретации данных электромагнитного мониторинга земной коры в сейсмически опасных регионах, а также – для моделирования переноса излучения в природных средах и решения проблем глобальных экологических катастроф.
Специалисты ИВМ РАН и Института океанологии им. П.П. Ширшова разработали и запустили на суперкомпьютере МСЦ РАН математическую модель динамики океана, которую применили для исследования внутригодовой изменчивости циркуляции вод и уровня Каспийского моря. С применением модели стало возможным доказать существование подповерхностных струйных течений вдоль восточного берега Среднего Каспия и правильно интерпретировать данные наблюдений. Сейчас перед специалистами стоит задача создать модель Мирового океана с пространственным разрешением, лучшим, чем было использовано в модели Каспийского моря.
2012: Запуск МВС-10П - 523 Тфлопс
Суперкомпьютер МВС-10П был запущен в МСЦ РАН в декабре 2012 г. Он включает 208 вычислительных узлов на базе 416 восьмиядерных процессоров Intel Xeon E5-2690 и такого же числа сопроцессоров Intel Xeon Phi. Система работает на жидкостном охлаждении и занимает площадь в 20 кв. м.
В рейтинге Топ-50 мощнейших суперкомпьютеров России и СНГ от 2 апреля 2013 г. МВС-10П занимает второе место. Самым мощным суперкомпьютером в стране в этом рейтинге числится «Ломоносов», установленный в МГУ, быстродействие которого составляет 1,7 Пфлопс.
2013: Суперкомпьютер РАН разыскивает финансирование
План развития вычислительных ресурсов Межведомственного суперкомпьютерного центра РАН (МСЦ РАН), озвученный его представителями на пресс-конференции 5 апреля 2013 г., предполагает увеличение производительности самой мощной системы центра — суперкомпьютера МВС-10П с быстродействием в 523,8 Тфлопс - до 1,45-2 Пфлопс в 2013 г. Планы по расширению этой системы МСЦ РАН озвучивал еще в 2012 г., однако вопрос с его финансированием в 2012 г. по состоянию на начало апреля 2013 г. все еще не решен.
Отвечая на вопрос TAdviser на пресс-конференции о необходимых объемах средств для этого расширения, заместитель директора МСЦ РАН Борис Шабанов обозначил сумму порядка 100 млн руб. Он уточнил, что данная сумма актуальна при условии закупки расширения системы у ее поставщика — компании «РСК».
Шабанов также рассказал изданию, что уже сформированные целевые программы РАН не предусматривают расходов на увеличение производительности суперкомпьютера в 2013 г., однако у РАН есть резерв по бюджету, из которого МСЦ пытается привлечь средства для этих целей.
По словам замдиректора МСЦ РАН, часть необходимой на расширение суммы центр готов вложить и из собственного уже выделенного ему бюджета: в частности, из бюджета на программу целевых расходов, включающей, в числе прочего, расходы на заработную плату сотрудникам, и на программу фундаментальных исследований. «Мы оттуда пытаемся забрать как можно больше», - добавляет Борис Шабанов.
