I-SCALARE
Исаев Камиль, генеральный директор по исследованиям и разработкам Intel в России, рассказал, что основное направление деятельности I‑SCALARE, которой руководит живущий сейчас в США выпускник МФТИ профессор Владимир Пентковский, – разработка проблемно ориентированных вычислительных систем для биомедицины, фармакологии и малоразмерных структур, а также решение ряда актуальных прикладных биомедицинских задач. По словам сотрудника лаборатории аспиранта МФТИ Григория Речистова, группа моделирования создала методологию оценки работы приложений на проектируемых суперкомпьютерах новых поколений, которые могут иметь в 16 раз больше процессорных ядер, чем используемый для расчетов. Антон Чугунов, участник исследовательской группы под руководством профессора Романа Ефремова при Институте биоорганической химии РАН, представил результаты проведенного в I‑SCALARE моделирования динамики молекулярного взаимодействия новых перспективных антибиотиков с мембранами бактерий. Возможности суперкомпьютера позволяют в течение недели произвести расчет модели для систем, содержащих свыше 50 тыс. атомов. В перспективе – создание нового класса антибиотиков, нетоксичных для человека и животных и не вызывающих устойчивости к ним у бактерий.
О моделировании взаимодействия опасных для человека вирусов с клетками организма рассказал ведущий научный сотрудник МГУ им. М. В. Ломоносова Владимир Палюлин. Построенные на суперкомпьютере модели позволили найти 12 перспективных соединений, блокирующих проникновение вирусов клещевого энцефалита в клетки человека. На их основе в ближайшее десятилетие будут создаваться противоэнцефалитные препараты. Еще один важный результат – построение моделей, позволяющих вести поиск структур с нейропротекторной активностью, что позволит создать препараты для лечения таких недугов, как болезнь Альцгеймера.
Сергей Гаричев, декан факультета радиотехники и кибернетики МФТИ, при котором создана лаборатория I-SCALARE, высоко оценивает результаты ее деятельности. Суперкомпьютер используется не только для научных расчетов, но и для обучения студентов МФТИ. На нынешнем этапе загрузка суперкомпьютера растет, и одна из основных задач лаборатории – научиться его эффективно использовать и определить классы задач, достойных реализации именно на таком кластере. Следующим этапом станет установка второго такого кластера, а в дальнейшем масштабирование суперкомпьютера будет продолжено до получения производительности около 300 Тфлопс.
